Éplucher les pommes de terre et la courge. Tailler le tout en fines tranches à l'aide d'un robot ou d'une mandoline. Réserver.
Dans un grand saladier, battre les oeufs avec la farine, le sel, la muscade et le lait. Ajouter le fromage râpé (en garder un peu pour le dessus) et la ciboulette ciselée avant de mélanger de nouveau.
Déposer les tranches de pommes de terre et de butternut puis mélanger à la main.
Préchauffer le four à 200° (chaleur tournante). Chemiser un moule à cake ou à gâteau de papier cuisson et verser la préparation en l'aplatissant bien.
Parsemer du restant de Comté râpé et enfourner pendant 1 heure à 1 heure 15.
À la fin de la cuisson, laisser tiédir et déguster en accompagnement de la source de protéines de votre choix, et d'une bonne salade.
Conservation : au réfrigérateur pendant 4 jours (congélation possible).